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Pandoc   一个通用文档转换器

JATS

本文档描述了 Pandoc 对 JATS 的处理方式。

元数据值

摘要
文章摘要。通过文档前置内容中的 <abstract> 元素添加。
作者

文章贡献者列表。每个作者的条目中应列出姓氏和名字;如果作者没有 surname 值,则该项将用作贡献者的 string-name

ORCID
贡献者的 ORCID 标识符。
姓氏

贡献者的姓氏。通常是西方姓名中的家族名。

参见 <surname>

名字

贡献者的个人姓名;在西方风格的姓名中,这包括中间名(如果有)。

参见 <given-names>

姓名
作者的全名;仅在 author.surname 不可用时作为备用。标记为 <string-name>
电子邮件

贡献者的电子邮件地址。

用作 <email> 元素的内容。

所属机构

可以是 affiliation 字段中描述的完整所属机构条目,也可以是所属机构标识符列表。

这些标识符链接到作者所属的组织。此列表中的每个标识符也必须在顶级 affiliation 列表中作为某个所属机构的 id 出现。

如果设置了顶级 affiliation 字段,则此条目被假定为标识符列表;如果该字段未设置,则为完整条目列表。

如果使用 articleauthoring 标签集,则必须提供完整条目,因为该模式不允许所属机构链接。

角色

一个描述作者角色(或多个角色)的字典列表。每个角色都作为 <role> 元素添加到作者的 <contrib> 元素中。以下示例说明了

一个临时角色

roles:
  - name: Dolphin Catcher

一个通过 CRediT 指定的角色。

roles:
  - credit: writing-review-editing

credit-name 会自动从 CRediT 分类法中查找,但您也可以自行指定

roles:
  - credit: writing-review-editing
    credit-name: Writing – review & editing

一个通过 CRediT 指定的角色,包括可选的贡献程度。请注意,只有在使用 CRediT 角色而非临时角色时才允许指定贡献程度。

roles:
  - credit: writing-review-editing
    degree: Lead

一个通过 CRediT 指定的角色,带有标签覆盖(对于国际化很有用)

roles:
  - credit: writing-review-editing
    name: Escrita – revisão e edição

creditcredit-name 的值必须来自贡献角色分类法 (CRediT) 中的 14 个术语之一

credit credit-name
概念化 概念化
数据整理 数据整理
正式分析 正式分析
资金获取 资金获取
调查 调查
方法论 方法论
项目管理 项目管理
资源 资源
软件 软件
监督 监督
验证 验证
可视化 可视化
撰写初稿 撰写 – 初稿
撰写-审阅-编辑 撰写 – 审阅与编辑

JATS 在 <degree-contribution> 中建议在指定贡献程度时使用以下三个值之一

  1. 牵头
  2. 同等
  3. 支持
同等贡献
用于标记对工作有同等贡献的作者的布尔属性。如果此属性设置为真值,则将 equal-contrib 属性(设置为 yes)添加到作者的 <contrib> 元素中。
cor-id

链接到贡献者通信信息的标识符。信息本身必须作为 article.author-notes.corresp 中的项存储。如果设置了 cor-id 值,则会添加一个 <xref> 链接,其 ref-typecorresprid 属性设置为 cor-<ID>,其中 <ID> 是此属性的字符串化值。

此外,如果此属性设置为真值,作者的 corresp 属性将设置为 yes

所属机构

贡献者所属组织的列表。每个机构都作为 <aff> 元素添加到作者的 contrib-group 中。

字段按照它们在输出中包含的顺序给出。

id
内部标识符;用作 <aff> 元素的 id 值,前缀为 aff-
研究组或其他低级别组织结构的名称;用作 <institution> 元素的值,其 content-type 设置为 group
部门
部门或其他中级别组织结构的名称;用作 <institution> 元素的值,其 content-type 设置为 dept
组织
公司、大学或其他顶级组织结构的名称;用作 <institution> 元素的值。机构元素被包裹在 <institution-wrap> 元素中;任何标识符,如 ringgoldror,都添加到此包装器中,因此必须属于此组织(而不是部门或小组)。
ISNI
组织的国际标准名称标识符。通过 <institution-id> 元素添加,其 institution-id-type 设置为 ISNI
Ringgold
组织的 Ringgold 标识符。通过 <institution-id> 元素添加,其 institution-id-type 设置为 Ringgold
ROR
组织的研究机构注册标识符。通过 <institution-id> 元素添加,其 institution-id-type 设置为 ROR
PID
持久标识符数组,作为 <institution-id> 元素添加。每个项必须包含一个映射,其中包含键 type(用作 institution-id-type)和 id(用作元素内容)。
街道地址
组织的街道地址;每个列表项都包裹在 <addr-line> 元素中,并用逗号和空格 (,) 分隔。
城市
组织所在地城市;仅在未提供 street-address 时使用,在这种情况下,该值将包裹在 <city> 元素中。
国家
组织所在地国家;用作 <country> 元素的值。
国家代码
两位字母的 ISO-3166-1 国家标识符;用作 <country> 元素中的 [country][attr:country] 属性(如果后者存在)。
版权

版权和许可信息。此信息通过 <permissions> 元素呈现。

建议使用 license 字段(下文描述)来表示许可信息。如果许可信息包含在 copyright 下方,则变量 typelinktext 应始终一起使用。

声明
版权声明;用作 <copyright-statement> 的内容。多个声明请使用列表。
年份
版权年份;用作 <copyright-year> 的内容。多个版权年份请使用列表。JATS 文档指出,如果年份已包含在版权声明中,则无需使用此字段。
持有者
版权持有者;通过 <copyright-holder> 元素包含。多个版权持有者请使用列表。
文本
内联文本,设置文本发布的许可;通过 <license-p> 元素包含。
类型
许可类型;用作 license-type 属性的值。
链接
描述许可的外部链接;用作 <license> 元素中 xlink:href 属性的值。
日期

出版日期。此值通常应为日期的字符串表示。Pandoc 会解析日期并将其分解为下面给出的组件。也可以直接传递这些组件。

出版日期通过 <pub-date> 元素及其子元素记录在文档中。publication-format 属性始终设置为 electronic

ISO-8601

出版日期的 ISO-8601 表示。用作 <pub-date> 元素的 iso-8601-date 属性的值。

如果 Pandoc 可以将 date 值解析为日期,则此值会自动设置。

day, month, year

出版日期的日、月和年。只有出版年份是必需的。这些值用作相应名称元素的内容。

如果 Pandoc 可以将 date 值解析为日期,则这些值会自动设置。

类型
此日期标记的事件类型。该值被设置为 date-type 属性在 <pub-date> 元素上,如果未指定则默认为“pub”。
文章

识别或描述文章的信息。此映射中的键值对通常用于 <article-meta> 元素中。

出版商ID
由出版商分配的外部文章标识符。用作 <article-id> 元素的内容,其属性 pub-id-type 设置为 publisher-id
DOI
分配给文章的数字对象标识符 (DOI)。用作 <article-id> 元素的内容,其属性 pub-id-type 设置为 doi
PMID
分配给文章的 PubMed 标识符 (PubMed ID)。用作 <article-id> 元素的内容,其属性 pub-id-type 设置为 pmid
PMCID
分配给文章的 PubMed Central 标识符。用作 <article-id> 元素的内容,其属性 pub-id-type 设置为 pmcid
art-access-id
通用文章检索标识符。用作 <article-id> 元素的内容,其属性 pub-id-type 设置为 art-access-id
主题
描述文章的主题名称。用作 <subject> 元素的内容,嵌套在 <subj-group> 元素中,该元素的 subj-group-type 属性设置为 heading
类别
列出描述文章的主题或话题。每个项都用作 <subject> 元素的内容,并分组在一个 <subj-group> 元素中,其 subj-group-type 属性设置为 categories
作者附注

关于作者的额外信息,如利益冲突声明和通讯作者联系方式。包裹在一个 [<author-notes>][elem:author-notes] 元素中。

冲突
利益冲突声明。呈现为 <fn> 脚注,其 fn-typeconflict
con
贡献者信息。呈现为 <fn> 脚注,其 fn-typecon
通讯信息
通讯信息。这必须是贡献者通讯项的列表,其中每个项必须具有 idemail 属性。然后信息通过 <corresp> 元素呈现。
资助声明
描述资助的散文。通过 funding-statement 元素添加到文章的前置内容中。
期刊

文章发表期刊的信息。这必须是一个映射;识别以下键/值对。

出版商ID
出版商分配的期刊标识符。用作 <journal-id> 元素的内容,其属性 journal-id-type 设置为 publisher-id
NLM-TA
PubMed 分配的期刊标识符。用作 <journal-id> 元素的内容,其属性 journal-id-type 设置为 nlm-ta
PMC
PubMed Central 分配的期刊标识符。用作 <journal-id> 元素的内容,其属性 journal-id-type 设置为 pmc
标题
文章发表期刊的完整标题。用作 <journal-title> 元素的内容。
缩写标题
期刊标题的简称。用作 <abbrev-journal-title> 元素的内容。
PISSN
出版物印刷版的 ISSN 标识符。用作 <issn> 元素的内容,其 publication-format 属性设置为 print
EISSN
出版物电子版的 ISSN 标识符。用作 <issn> 元素的内容,其 publication-format 属性设置为 electronic
出版商名称
出版实体(个人、公司或其他)的名称。用作 <publisher-name> 元素的内容。
出版地点
出版地点。用作 <publisher-loc> 元素的内容。
许可

文章许可信息。此字段的每个项都作为 <license> 元素呈现在 <permissions> 元素中。

项内容应为单个段落,或包含下列字段的映射。

文本
内联文本,描述文本发布的许可;通过 <license-p> 元素包含。
类型
许可类型;用作 license-type 属性的值。
链接
描述许可的外部链接;用作 <license> 元素中 xlink:href 属性的值。
注释
关于整篇文章的附加注释。通过 <notes> 元素添加到文章的前置内容中。
副标题
文档标题的次要部分。作为 <subtitle> 元素添加到文档的前置内容中。
关键词
关键词列表。项用作 <kwd> 元素的内容;这些元素分组在一个 <kwd-group> 中,其 kwd-group-type 值为 author
标题
文章标题。通过 <article-title> 元素添加到文档的前置内容中。
补充材料
补充元数据。通过 <supplementary-material> 元素添加到文档的前置内容中。仅适用于 jats_articlepublishing
浮动对象组
浮动对象列表,例如图、表、文本框等,它们不是正文的一部分。该值通过将其嵌套在 <floats-group> 元素下方来呈现。仅适用于 jats_publishingjats_archiving

必需的元数据

即使信息缺失,Pandoc 也会尝试生成有效的 JATS 文档,填充占位符或使用空值。这规避了确保特定标签集文档中存在最小信息集的意图。因此,建议始终提供下列信息。

出版标签集

必需的元数据值

  • journal.publisher-idjournal.nlm-tajournal.pmc 中的一个或多个。
  • journal.pissnjournal.eissn 中的一个或多个。