JATS
本文档描述了 Pandoc 对 JATS 的处理方式。
元数据值
摘要- 文章摘要。通过文档前置内容中的
<abstract>元素添加。 作者-
文章贡献者列表。每个作者的条目中应列出姓氏和名字;如果作者没有
surname值,则该项将用作贡献者的string-name。ORCID- 贡献者的 ORCID 标识符。
姓氏-
贡献者的姓氏。通常是西方姓名中的家族名。
参见
<surname>。 名字-
贡献者的个人姓名;在西方风格的姓名中,这包括中间名(如果有)。
参见
<given-names>。 姓名- 作者的全名;仅在
author.surname不可用时作为备用。标记为<string-name>。 电子邮件-
贡献者的电子邮件地址。
用作
<email>元素的内容。 所属机构-
可以是
affiliation字段中描述的完整所属机构条目,也可以是所属机构标识符列表。这些标识符链接到作者所属的组织。此列表中的每个标识符也必须在顶级
affiliation列表中作为某个所属机构的id出现。如果设置了顶级
affiliation字段,则此条目被假定为标识符列表;如果该字段未设置,则为完整条目列表。如果使用 articleauthoring 标签集,则必须提供完整条目,因为该模式不允许所属机构链接。
角色-
一个描述作者角色(或多个角色)的字典列表。每个角色都作为
<role>元素添加到作者的<contrib>元素中。以下示例说明了一个临时角色
roles: - name: Dolphin Catcher一个通过 CRediT 指定的角色。
roles: - credit: writing-review-editingcredit-name会自动从 CRediT 分类法中查找,但您也可以自行指定roles: - credit: writing-review-editing credit-name: Writing – review & editing一个通过 CRediT 指定的角色,包括可选的贡献程度。请注意,只有在使用 CRediT 角色而非临时角色时才允许指定贡献程度。
roles: - credit: writing-review-editing degree: Lead一个通过 CRediT 指定的角色,带有标签覆盖(对于国际化很有用)
roles: - credit: writing-review-editing name: Escrita – revisão e ediçãocredit和credit-name的值必须来自贡献角色分类法 (CRediT) 中的 14 个术语之一creditcredit-name概念化概念化 数据整理数据整理 正式分析正式分析 资金获取资金获取 调查调查 方法论方法论 项目管理项目管理 资源资源 软件软件 监督监督 验证验证 可视化可视化 撰写初稿撰写 – 初稿 撰写-审阅-编辑撰写 – 审阅与编辑 JATS 在
<degree-contribution>中建议在指定贡献程度时使用以下三个值之一牵头同等支持
同等贡献- 用于标记对工作有同等贡献的作者的布尔属性。如果此属性设置为真值,则将
equal-contrib属性(设置为yes)添加到作者的<contrib>元素中。 cor-id-
链接到贡献者通信信息的标识符。信息本身必须作为
article.author-notes.corresp中的项存储。如果设置了cor-id值,则会添加一个<xref>链接,其ref-type为corresp。rid属性设置为cor-<ID>,其中<ID>是此属性的字符串化值。此外,如果此属性设置为真值,作者的
corresp属性将设置为yes。
所属机构-
贡献者所属组织的列表。每个机构都作为
<aff>元素添加到作者的 contrib-group 中。字段按照它们在输出中包含的顺序给出。
id- 内部标识符;用作
<aff>元素的id值,前缀为aff-。 组- 研究组或其他低级别组织结构的名称;用作
<institution>元素的值,其content-type设置为group。 部门- 部门或其他中级别组织结构的名称;用作
<institution>元素的值,其content-type设置为dept。 组织- 公司、大学或其他顶级组织结构的名称;用作
<institution>元素的值。机构元素被包裹在<institution-wrap>元素中;任何标识符,如ringgold或ror,都添加到此包装器中,因此必须属于此组织(而不是部门或小组)。 ISNI- 组织的国际标准名称标识符。通过
<institution-id>元素添加,其institution-id-type设置为ISNI。 Ringgold-
组织的 Ringgold 标识符。通过
<institution-id>元素添加,其institution-id-type设置为Ringgold。 ROR- 组织的研究机构注册标识符。通过
<institution-id>元素添加,其institution-id-type设置为ROR。 PID- 持久标识符数组,作为
<institution-id>元素添加。每个项必须包含一个映射,其中包含键type(用作institution-id-type)和id(用作元素内容)。 街道地址- 组织的街道地址;每个列表项都包裹在
<addr-line>元素中,并用逗号和空格 (,) 分隔。 城市- 组织所在地城市;仅在未提供
street-address时使用,在这种情况下,该值将包裹在<city>元素中。 国家- 组织所在地国家;用作
<country>元素的值。 国家代码- 两位字母的 ISO-3166-1 国家标识符;用作
<country>元素中的 [country][attr:country] 属性(如果后者存在)。
版权-
版权和许可信息。此信息通过
<permissions>元素呈现。建议使用
license字段(下文描述)来表示许可信息。如果许可信息包含在copyright下方,则变量type、link和text应始终一起使用。声明- 版权声明;用作
<copyright-statement>的内容。多个声明请使用列表。 年份- 版权年份;用作
<copyright-year>的内容。多个版权年份请使用列表。JATS 文档指出,如果年份已包含在版权声明中,则无需使用此字段。 持有者- 版权持有者;通过
<copyright-holder>元素包含。多个版权持有者请使用列表。 文本- 内联文本,设置文本发布的许可;通过
<license-p>元素包含。 类型- 许可类型;用作
license-type属性的值。 链接- 描述许可的外部链接;用作
<license>元素中xlink:href属性的值。
日期-
出版日期。此值通常应为日期的字符串表示。Pandoc 会解析日期并将其分解为下面给出的组件。也可以直接传递这些组件。
出版日期通过
<pub-date>元素及其子元素记录在文档中。publication-format属性始终设置为electronic。ISO-8601-
出版日期的 ISO-8601 表示。用作
<pub-date>元素的iso-8601-date属性的值。如果 Pandoc 可以将
date值解析为日期,则此值会自动设置。 day,month,year-
出版日期的日、月和年。只有出版年份是必需的。这些值用作相应名称元素的内容。
如果 Pandoc 可以将
date值解析为日期,则这些值会自动设置。 类型- 此日期标记的事件类型。该值被设置为
date-type属性在<pub-date>元素上,如果未指定则默认为“pub”。
文章-
识别或描述文章的信息。此映射中的键值对通常用于
<article-meta>元素中。出版商ID- 由出版商分配的外部文章标识符。用作
<article-id>元素的内容,其属性pub-id-type设置为publisher-id。 DOI- 分配给文章的数字对象标识符 (DOI)。用作
<article-id>元素的内容,其属性pub-id-type设置为doi。 PMID- 分配给文章的 PubMed 标识符 (PubMed ID)。用作
<article-id>元素的内容,其属性pub-id-type设置为pmid。 PMCID- 分配给文章的 PubMed Central 标识符。用作
<article-id>元素的内容,其属性pub-id-type设置为pmcid。 art-access-id- 通用文章检索标识符。用作
<article-id>元素的内容,其属性pub-id-type设置为art-access-id。 主题- 描述文章的主题名称。用作
<subject>元素的内容,嵌套在<subj-group>元素中,该元素的subj-group-type属性设置为heading。 类别- 列出描述文章的主题或话题。每个项都用作
<subject>元素的内容,并分组在一个<subj-group>元素中,其subj-group-type属性设置为categories。 作者附注-
关于作者的额外信息,如利益冲突声明和通讯作者联系方式。包裹在一个 [
<author-notes>][elem:author-notes] 元素中。 资助声明- 描述资助的散文。通过
funding-statement元素添加到文章的前置内容中。
期刊-
文章发表期刊的信息。这必须是一个映射;识别以下键/值对。
出版商ID- 出版商分配的期刊标识符。用作
<journal-id>元素的内容,其属性journal-id-type设置为publisher-id。 NLM-TA- PubMed 分配的期刊标识符。用作
<journal-id>元素的内容,其属性journal-id-type设置为nlm-ta。 PMC- PubMed Central 分配的期刊标识符。用作
<journal-id>元素的内容,其属性journal-id-type设置为pmc。 标题- 文章发表期刊的完整标题。用作
<journal-title>元素的内容。 缩写标题- 期刊标题的简称。用作
<abbrev-journal-title>元素的内容。 PISSN- 出版物印刷版的 ISSN 标识符。用作
<issn>元素的内容,其publication-format属性设置为print。 EISSN- 出版物电子版的 ISSN 标识符。用作
<issn>元素的内容,其publication-format属性设置为electronic。 出版商名称- 出版实体(个人、公司或其他)的名称。用作
<publisher-name>元素的内容。 出版地点- 出版地点。用作
<publisher-loc>元素的内容。
许可-
文章许可信息。此字段的每个项都作为
<license>元素呈现在<permissions>元素中。项内容应为单个段落,或包含下列字段的映射。
文本- 内联文本,描述文本发布的许可;通过
<license-p>元素包含。 类型- 许可类型;用作
license-type属性的值。 链接- 描述许可的外部链接;用作
<license>元素中xlink:href属性的值。
注释- 关于整篇文章的附加注释。通过
<notes>元素添加到文章的前置内容中。 副标题- 文档标题的次要部分。作为
<subtitle>元素添加到文档的前置内容中。 关键词- 关键词列表。项用作
<kwd>元素的内容;这些元素分组在一个<kwd-group>中,其kwd-group-type值为author。 标题- 文章标题。通过
<article-title>元素添加到文档的前置内容中。 补充材料- 补充元数据。通过
<supplementary-material>元素添加到文档的前置内容中。仅适用于jats_articlepublishing。 浮动对象组- 浮动对象列表,例如图、表、文本框等,它们不是正文的一部分。该值通过将其嵌套在
<floats-group>元素下方来呈现。仅适用于jats_publishing和jats_archiving。
必需的元数据
即使信息缺失,Pandoc 也会尝试生成有效的 JATS 文档,填充占位符或使用空值。这规避了确保特定标签集文档中存在最小信息集的意图。因此,建议始终提供下列信息。
出版标签集
必需的元数据值
journal.publisher-id、journal.nlm-ta、journal.pmc中的一个或多个。journal.pissn、journal.eissn中的一个或多个。